Comme son église sœur cathare, le bogomilisme ralluma au 10ème siècle bulgare, d’anciennes braises gnostiques, surtout origénistes. Religion du salut par la connaissance, il enseignait une voie de transfiguration menant au devenir « christ ». En raison de ses hautes valeurs morales et spirituelles il fut adopté par beaucoup de seigneurs, bulgares et bosniaques pendant 5 siècles.

Dans sa phase première, au 10ème siècle bulgare, le bogomilisme ralluma les braises encore ardentes de deux tendances gnostiques : le paulicianisme ( manichéisme médiéval ) et le massalianisme ( ascèse et salut par la prière ). D’après la légende, il fut initié par un pope nommé Bogomil, nom qui signifie « ami de dieu », dont l’historicité reste problématique. Mais c’est en fait avec la doctrine d’Origène, propagée par des moines hérétiques de Syrie réfugiés près de Byzance, que le bogomilisme présente les analogies les plus troublantes. C’est d’ailleurs dans l’origénisme qu’apparaît, pour la première fois, l’expression « les amis de dieux » pour désigner les membres d’une ekklesia ( communauté d’âmes ). Un facteur important du développement du bogomilisme fut la réappropriation de l’écriture par les groupes sociaux défavorisés. De nombreux apocryphes gnostiques circulaient, et formaient le socle de ce qui allait devenir une véritable culture populaire. En permettant, comme toute gnose, une relecture des textes bibliques et évangéliques, le bogomilisme s’opposa aux intérêts de la classe féodale qui avait imposé une idéologie ecclésiale en accord avec ses intérêts, se servant des dogmes de la hiérarchie céleste et du péché originel pour justifier la misère et le servage. Toutefois, c’est avant tout en tant que gnose, en tant que religion du salut par la connaissance, que le bogomilisme remporta ses succès. Il enseignait que tout homme peut se libérer du monde de la matière et devenir soi-même un christ, c’est-à-dire un « dieu vivant », par un processus de transfiguration. C’est en raison de ses hautes valeurs morales et spirituelles qu’il fut finalement adopté et défendu par beaucoup de seigneurs, bulgares et bosniaques entre autres, avant d’essaimer plus à l’ouest où il rencontrera comme une église sœur le mouvement cathare.